Во Црна Река завршуваат непрочистени отпадните води од индустријата во Кавадарци, кој иако е вториот индустриски град во Македонија според БДП, нема пречистителна станица. Екологистите со години алармираат да се испита од каде потекнува загадувањето на реката. Во Македонија, ретки се фабриките кои имаат и користат пречистителна станица според обврските од нивните еколошки дозволи.